Uživatelská podpora uživatelů systému Škola OnLine zahrnuje e-mailový a telefonický hotline (e-mail: hotline@skolaonline.cz, tel.: 378 229 460) a dále elektronické uživatelské příručky včetně videonávodů.

Zahrnuje rovněž znalostní databázi, řešící časté problémy uživatelů jednotlivých aplikací.